10x单细胞ATAC测序

 

 

10x单细胞ATAC测序

 

基于10× Genomics平台，通过快速高效的单细胞标记、测序和分析，

一次性获得成千上万个单细胞染色质谱，获得单细胞水平的染色质开放区域信息。

高分辨率研究染色质开放程度与DNA结合蛋白调控基因的表达网络。

这一技术可广泛应用于癌症，免疫，干细胞，胚胎分化发育，神经分化发育等表观修饰研究，为疾病或遗传发育等研究提供了新的思路。

 

欧易生物,基因芯片,生物芯片,基因测序,高通量测序,二代测序,三代测序,酵母文库,生物信息学,转录组,基因组,蛋白质组,甲基化,代谢组学,蛋白检测单细胞测序,核体系酵母文库构建,基因组de novo测序,蛋白质组定量分析,靶向代谢组学, 2b-RAD简化基因组 ,微生物多样性测序

 

 

 
 
技术优势
 
（1）通量大：8通道微流体系统，每个通道一次性可捕获500-10,000个单细胞核;
（2）捕获效率高：细胞核捕获率超过65%;
（3）超低污染：线粒体序列比例小于2%（GM12878细胞系测试数据）;
（4）信息量大：获得所有染色质开放区域，不局限于某个转录因子位点或蛋白保护区域；
（5）适用范围广：可以处理细胞系、原代细胞、新鲜样品和冻存样品等;
（6）结果展示方便：官方Loupe Cell Browser提供便捷的可视化操作;
（7）低成本：每个细胞成本远低于传统单细胞ATAC测序。
 
 
 
 
技术路线
 
 
（1）细胞核分离：参照10×标准流程制备细胞核；
（2）转座酶处理：利用转座酶孵育细胞核，形成片段化DNA；
（3）细胞核标记：利用10ד双十字”微流体系统形成单细胞核的GEM(Gel bead in Emulsion)，每一个GEM中10× Barcodes序列是相同且特异的(Barcodes被密集连接在Gel bead上，通过Barcodes序列区分不同细胞核)；
（4）文库构建：凝胶珠溶解，细胞核破裂，片段化DNA同10× Barcodes序列连接，进行文库构建和测序，获得每一个细胞的染色体开放区域序列信息。
 
 
 
 
样本要求
 
（1）样品浓度：5.0×106 / mL以上；
（2）细胞活性：活细胞数在65 %以上； 
（3）细胞大小：小于40μm；
（4）细胞培养基及缓冲液不能含有Ca 2+、Mg 2+和EDTA等影响酶活性的物质；
（5）建议过40μm细胞筛以除去杂质和细胞团块，细胞成团率＜5%。
 
 
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