细菌基因组denovo测序(三代)

三代小基因组测序
 
细菌、病毒甚至癌细胞通畅存在于与变异密切相关的复杂群体中
这些变异会响应环境变化,例如免疫压力或药物治疗造成的快速进化
使用二代测序对复杂群体进行鉴定需要复杂的组装算法,使得混合群体中相关度非常高的个体的区分变得非常困难
Sequel系统可从病毒种群的鉴定、微生物群落的鉴定和体细胞变异的检测三个方面对复杂种群进行鉴定 
 
叶绿体基因组和线粒体基因组序列都包含重复序列、反向重复序列等复杂结构
PacBio Sequel的长读长可直接跨越这些区域获得这些细胞器的全基因组序列信息等
基因组组装不依赖于是否有近缘物种的线粒体和叶绿体基因组信息等、重测序能够检测到多方面的SNPs及InDel信息
 
 

技术流程 

 

 

 

技术路线

 

 

 

建库流程

 

 

 

 

分析内容 
 
细菌De novo测序 
细菌基因组研究,是通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列,并对其进行结构和功能研究的方法。依据研究目标所需精细程度的不同,我们可进行细菌框架图、精细图和完成图的构建。三代测序能够克服基因组中重复区域和高GC区域组装难题,可以拿到无N碱基、无Gap的细菌基因组完成图。 
 
 
真菌De novo测序 
真菌基因组研究,是通过基因组测序和组装获得真菌全基因组序列,并对其进行结构和功能研究的方法。真菌De novo测序具有真菌框架图、精细图和作为真菌精细图前置的真菌Survey三种不同精细程度的解决方案,满足不同的研究需求。
 
 
小基因组测序 
利用单分子实时测序技术可以获得线粒体/叶绿体基因组、病毒基因组、质粒、BAC/Fosmid/YAC等小基因组的完成图,平均读长10 kb左右,组装结果无N碱基、无Gap。 
 
 
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